O založení kostela v Litovli nezachovalo se žádných zpráv. Možno však říci, že již ve XIV. století stál v Litovli gotický kostel na místě dnešního chrámu. Letopočet 1529 na sakristii objevený, okénko gotického slohu na kostelní věži a vnější opěráky jsou poslední zbytky po někdejším chrámu gotickém.

Patronát nad litovelským kostelem měl zeměpán jakožto držitel královského města. Po založení Starobrněnského kláštera r. 1322 postoupila Eliška, vdova po králi Václavu II.. která měla určitý podíl na Litovli, patronát tomuto klášteru, z čehož vzešly v pozdějších dobách četné rozepře mezi Starobrněnským klášterem s pány Vlašimskými, kteří si toto právo osobovali. R: 1562 abatyše kláštera, Kateřina Haugvicovna z Biskupic, pro vzdálenost do Litovle toto právo vyměnila za jiné fary v blízkosti Brna.

Jestliže se opevněná Litovel dovedla houževnatě brániti proti husitským táboritům, nedovedla potlačiti jejich náboženské a národní hnutí, které nabývalo stále většího významu v městě i širém kraji, až r. 1438 nabylo naprostou převahu. S příchodem nového učení vrací se také národní duch do města a poněmčená Litovel začíná poznenáhlu nabývati opět české tvářnosti. Katolicismus mizel a upadal, takže zbytek, který se dosud udržel, byl přiřazen do nedaleké Medle.

Po válkách husitských byla při jednotlivých farnostech zřizována literátská bratrstva čili kůry, aby bohoslužby zpěvem zvelebovala a i jinak svou kulturní činností lid k pobožnosti nabádala. V Litovli připomíná se r. 1498 bratrstvo Panny Marie a sv. Marka a v XVIII. století bratrstvo >>Maria, královna andělů<<.

V první polovici XVI. století ujalo se v Litovli učení Lutherovo, takže koncem tohoto století byla Litovel veskrz protestantská a stala se náboženským střediskem celé severní Moravy, kdežto Olomouc a Uničov zůstaly katolickými. Podle dochovaných matrik z těch dob (1592 - 1610) byla Litovel opět německá a také okolí bylo pilně poněmčováno. Faráři byli podle výsad Šembery z Boskovic z roku 1582 městem voleni, při čemž se požadovalo augsburské vyznání a znalost německé i české řeči.

Následky bitvy bělohorské a hnutí protireformační nezůstaly bez vlivu na další církevní vývoj Litovelska. Katolické náboženství, které bylo jedině vyhlášeno za dovolené, vytlačilo z litovelského kraje 10 protestantských pastorů, kteří se uchýlili do Litovle jako nejsilnější bašty protestantské. Tuto obnovu katolických řádu prováděla jesuitská kolej z Olomouce, jejíž misie zavítala r. 1624 také do Litovle. Vyhlášený lutheránský kazatel a lidumil litovelský, k němuž putovali lidé z širokého kraje až z Olomouce a Třebové, byl vypuzen a musel i se všemi okolními pastory ihned opustiti město. Tak se stala Litovel po šedesátileté přestávce opět katolickou a prvním farářem byl instalován Václav Berger z Mohelnice. Jeho nástupce Melichar Angler zjednal r. 1653 s městem smlouvu, kterou se obec zavázala platiti faráři 250 zlatých, 30 měřic žita, 4 měřice pšenice, 4 měřice ječmene, po jedné meřici hrachu a jáhel, 24 věder piva a 30 sáhů dříví.

Roku 1676 a 1677 dal kníže Jan Eusebius z Lichtenštejna kostel přestavěti a rozšířiti. Byly postaveny kruchty s obou stran lodi chrámové a kaple Panny Marie s hrobkou Engelmanovou. Kostel byl vysvěcen biskupem Jakubem Arnoštem z Lichtenštejna.

Poslední přestavba kostela setřela úplně někdejší gotický ráz a v nynější podobě je chrám sv. Marka slohu renesančního. R. 1699 byla kostelní věž zvýšena v tvaru cibulovitém. Nynější tvar jehlance pochází z r. 1854. V lodi chrámové jsou starobylé lavice vzácné řezbářské práce z r. 1769, dále jest uchován vzácný gotický kalich z r. 1483 a ciborium protestantské (1588). Z r. 1532 uchovaly se nejpamátnější předměty někdejšího kostela, a sice veřeje u sakristie a vzácné železné dveře z doby přechodné gotiky.